据Ture Trophies报道，《合金装备3：重制版》一共46个奖杯（1个白金奖杯、4个金奖杯、5个银奖杯和36个铜奖杯），其中有14个为隐藏奖杯。值得一提的是，此次重制版的奖杯数量与原版完全一致，但个别奖杯在内容上略有不同，一些原版中要求全收集的奖杯换成了更具趣味性的奖杯。
以下为《合金装备3：重制版》的完整奖杯列表，其中部分奖杯涉及剧情，如果您更想在游戏中亲自体验这些内容，请谨慎阅读。另外，以下翻译均为笔者暂译，仅供参考，请以游戏发售时的官方翻译为准：
白金奖杯：
【无尽的战斗】：收集所有奖杯。
铜奖杯：
【年轻的枪手（隐藏）】：眩晕山猫（Ocelot）。
【疼痛缓解（隐藏）】：战胜The Pain。
【如果它流血了，我们就能杀了它（隐藏）】：战胜The Fear。
【终焉（隐藏）】：战胜The End。
【休斯顿，我们遇到了问题（隐藏）】：战胜The Fury。
【苦痛之河（隐藏）】：战胜The Sorrow。
【步行者克星（隐藏）】：战胜Shagohod。
【接地（隐藏）】：战胜沃尔金。
【爱国者（隐藏）】：战胜The Boss。
【妈妈说】：使用CQC格斗术击倒一名警卫。
【告诉我炸弹在哪】：使用CQC格斗术拷问一名敌人。
【好像他根本不在乎】：制服一名敌人。
【别摸那边】：用刀取出子弹。
【山猫总能抓住（隐藏）】：Snake和总统握手时，在背景中找到山猫（Ocelot）。
【白马王子】：第一次射击一只“青蛙君”（Kerotan）
【丑小鸭】：首次攻击GA-KO。
【拉尔夫呼叫】：让斯内克呕吐。
【我能养它吗？】：活捉任意动物。
【食蛇者】：吃一条任意种类的蛇。
【吃货】：将任何食物记录到收藏中。
【真爱难寻】：实现100%的伪装指数。
【我能看见你】：实现+90%伪装指数。
【时间悖论（隐藏）】：造成山猫（Ocelot ）时间悖论。
【尝尝毒药的味道！】：向敌人投掷一只有毒生物。
【电影爱好者】：保存后听Para-Medic谈论电影。
【友军火力】：呼叫火力支援。
【此刻宁静】：呼叫一个治愈广播频段。
【养蜂人】：使用蜜蜂骚扰敌人。
【只是因为】：用TNT炸毁一个军械库或补给仓库。
【诈死】：使用假死药片。
【你打盹，你输了（隐藏）】：潜行到The End身后偷袭他，让他丢下一件物品。
【早早结束（隐藏）】：在和The End战斗前就干掉他。
【战争已经改变】：以新风格开始游戏。
【老蛇新招】：以传统风格开始游戏。
【狗仔蛇】：首次使用照片模式。
银奖杯：
【上蜡，去蜡（隐藏）】：招架住Boss的所有CQC攻击。
【信不信由你】：捉到野槌蛇。
【绿色难搞】：攻击所有64个青蛙君。
【猎鸭季】：攻击所有64个GA-KO。
【像Boss一样】：完成任意难度的游戏。
金奖杯：
【和平行者】：不杀一人完成游戏。
【美食家】：食物收集率100%。
【蛇有很多皮】：获得全部伪装和面部涂装。
【猎狐部队】：获得FOXHOUND头衔。
